Elżbieta Krystyna dorastała w pałacu królewskim otoczona licznym rodzonym i przyrodnim rodzeństwem (w tym z księciem Fryderykiem, synem Chrystiana z pierwszego małżeństwa z Anną Katarzyną Hohenzollern), ze służbą i rodzicami. W kilka lat po jej narodzinach król oskarżył jej matkę o cudzołóstwo z innymi mężczyznami i rozwiódł się z Kirsten Munk na początku 1630 roku. Miał już wówczas romans z damą dworu swojej żony, niejaką Vibeke Kruse. Mimo wygnania matki, Chrystian IV nigdy nie oddalił od siebie swoich dzieci – Eleonora Krystyna była wręcz jego ulubienicą.
Jej małżeństwo było częścią polityki Chrystiana IV polegającej na wzmacnianiu potęgi dynastii – od kiedy w 1448 Oldenburgowie poprzez na małżeństwo odziedziczyli tron Danii, Norwegii i Szwecji, korona była przekazywana z ojca na syna i dopiero w kilkanaście lat po śmierci Chrystiana IV w 1660 roku sukcesja tronu stała się dziedziczna. Do tej pory król zaprzysięgał przed Rigsdagiem wierność przywilejów szlacheckich i musiał ożenić się z członkinią jednej z zagranicznych rodzin królewskich bądź książęcych, ponieważ duńska szlachta była zbyt nisko urodzona dla monarchy. Legitymizowany status Eleonory Krystyny i jej sióstr był wielce pomocny dla wzmacniania władzy wewnętrznej ich ojca, a do tego wnosił królewską krew do szlacheckich rodzin.