Kiedy w 1463 zmarł cioteczny dziadek Alfonsa Giovanni Antonio del Balzo Orsini, książę Tarentu zmarł, to właśnie Alfons odziedziczył jego ziemie. Młody książę był uzdolnionym i odpowiedzialnym dowódcą - pomógł swojemu ojcu w czasie buntu baronów w 1485 roku i często bronił terytorium królestwa przed zakusami Państwa Kościelnego. Jako kondotier brał udział w najważniejszych potyczkach stulecia, między innymi spisku Pazzich w latach (1478–1480) i wojnie o Ferrarę (w latach 1482–1484).
Rządy Alfonsa II były krótkie - kiedy zmarł jego ojciec finanse królestwa były w opłakanym stanie, poza tym z Francji do Włoch na czele zbrojnej wyprawy wyruszył Karol VIII (na zaproszenie Ludwika il Moro, księcia Mediolanu mającego wówczas zatarg z Neapolem), który podniósł swoje roszczenia dynastyczne do Neapolu i należącego do Alfonsa II tytułu króla Jerozolimy.
Karol VIII dotarł do Włoch we wrześniu 1494 roku. Alfons II zabiegał o poparcie papieża Aleksandra VI, który chciał wykorzystać do wyparcia Turków z półwyspu. Papież koronował Alfonsa II na króla Sycyli i napisał list do króla Francji w obronie swojego lennika (Neapol był lennem papieskim).