Ten związek spowodował konflikt Cezarego z większością państw włoskich, w tym królestwa Neapolu (królowie Francji od czasów Karola VIII zgłaszali swoje pretensje do korony neapolitańskiej).
Jej brat Alfonso wkrótce został zamordowany w 1500, o co podejrzewano Cezara, którego mogły niepokoić związki Alfonsa z rodem Colonnów (nie ma jednak jednoznacznych dowodów, a ojciec Alfonsa, król Neapolu, nie oskarżył Cezara o tę zbrodnię). Sancha wkrótce stała się kłopotem dla coraz bardziej ambitnych Borgiów i na rozkaz papieża była więziona w zamku św. Anioła do śmierci Aleksandra VI w 1503. Została wysłana do Neapolu wraz ze swoim bratankiem Rodrygiem, którego wychowywała i uczyniła swoim jedynym spadkobiercą. Już nigdy więcej nie spotkała się ze swoim mężem, a Cezare odwiedził ją w jakiś czas po uwolnieniu z papieskiego więzienia i poprosił o opiekę nad Giovannim Borgią, będącym najprawdopodobniej nieślubnym synem Lukcecji, na co Sancha się zgodziła. Zmarła na niezidentyfikowaną chorobę w 1506 roku, na rok przed śmiercią Cezara.