W 2020 do dziewięciu zborów Świadków Jehowy należało 783 głosicieli, a na dorocznej uroczystości Wieczerzy Pańskiej zebrało się 1245 osób. Kościół Jezusa Chrystusa Świętych Dni Ostatnich (Mormoni), Kościół Baptystów Biblijnych (Bible Baptist Church), Ewangelicki Sojusz Malty (The Evangelical Alliance of Malta – TEAMalta)The Evangelical Alliance of Malta – TEAMalta ma siedem kościołów i dwie organizacje, z którymi związane jest około 400 członków. Jest jedna cerkiew Ortodoksyjnego Kościoła Greckokatolickiego, gdzie również odbywają się nabożeństwa prawosławne kilka razy do roku (kiedy Patriarcha przyjeżdża z Moskwy, by celebrować msze z okazji świąt prawosławnych np. Wielkanocy). Grecka społeczność prawosławna korzysta z własnej cerkwi św. Jerzego w Valletcie (w jurysdykcji metropolii Włoch i Malty Patriarchatu Konstantynopolitańskiego).
Na Malcie jest jedna wspólnota wyznawców judaizmu.
Na Malcie jest jeden meczet muzułmański oraz muzułmańska szkoła podstawowa. Z około 3000 wyznawców islamu na Malcie, około 2250 to obcokrajowcy, około 600 to naturalizowani obywatele, a około 150 to urodzeni Maltańczycy. Muzułmańska wspólnota Ahmadijja jest również obecna na wyspie.