Po sezonie doszło do reorganizacji ligi, IV ligę makroregionalną przekształcono w IV ligę na bazie nowych województw.
Puchar Polski Jagiellonia wystąpiła w Pucharze Polski w miejsce drużyny z Wasilkowa, w I rundzie Pucharu Polski pokonała 0:6 Olimpię Zambrów, w następnej rundzie uległa u siebie Piotrkovii Piotrków Trybunalski 0:1 i odpadła z dalszej rywalizacji. W roku 2000 Jagiellonia zagrała w regionalnym Pucharze Polski, w finale pokonując białostocki Hetman 1:3.
Końcowa Tabela IV Ligi (Makroregionalnej) Drużyna Bramki Uwagi1 Znicz Pruszków 32 27 3 2 11925+94 84 Awans do II ligi2 Jagiellonia Białystok 32 26 3 3 12411+113 81 Baraż, awans3 Legionovia Legionowo 32 24 4 4 8917+72 76Reforma ligi, zespoły wystąpią w nowej IV lidze okręgowej.4 ŁKS Łomża 32 21 3 8 6632+34 665 Mrągovia Mrągowo 32 18 6 8 5233+19 606 Olimpia Warszawa 32 16 5 11 6639+27 537 Wkra Żuromin 32 14 6 12 4959-10 488 Cresovia Siemiatycze 32 14 5 13 5344+9 479 Piast Piastów 32 12 4 16 5161-10 4010 AZS-AWF Warszawa 32 11 5 16 5768-11 3811 Ursus Warszawa 32 9 4 19 3672-36 3112 Ruch Wysokie Mazowieckie 32 9 3 20 2478-54 3013 MKS Szczytno 32 8 6 18 3962-23 3014 MKS Ciechanów 32 7 7 18 3673-37 2815 Huragan Wołomin 32 8 4 20 2976-47 2816 Tęcza Biskupiec 32 7 4 21 3894-56 2517 MKS Przasnysz 32 2 6 24 17101-84 12 Spadek Klasa Okr.18 Bug Wyszków - - - - - - - -