W pojedynku tym w nieprzepisowy sposób zaatakował jednak Jonathana Thomasa, za co został ukarany czerwoną kartką i dalszymi czterema tygodniami zawieszenia. Kiedy w połowie stycznia 2011 roku O’Connell od pierwszego gwizdka wystąpił w meczu Pucharu Heinekena z RC Toulon, był to jego pierwszy mecz w podstawowym składzie od 51 tygodni. Porażka w tym spotkaniu oznaczała, że Munster po raz pierwszy od 13 lat odpadł z rozgrywek po fazie grupowej. W kwietniu Irlandczyk doznał kolejnej kontuzji, kiedy w meczu z Leinster Rugby uszkodził ścięgno w kostce. Uraz ten wykluczył go z gry na cztery tygodnie. Pierwszy mecz O’Connella po kontuzji przypadł na półfinał European Challenge Cup, w którym Munster uległ angielskim Harlequins. Miesiąc później w roli kapitana poprowadził Munster do zwycięstwa nad Leinsterem w wielkim finale Celtic League.
mały|240 px|Mecz Harlequins – Munster (2013) W styczniu 2012 roku O’Connell przedłużył kontrakt z prowincjonalnym zespołem o dwa dalsze lata, do końca sezonu 2013/2014, jednak kolejny rok stanowił niemal stałe pasmo urazów irlandzkiego wspieracza. W trakcie marcowego meczu reprezentacji doznał kontuzji kolana, po której wrócił do gry 8 kwietnia w meczu z Ulster Rugby.