Z inicjatywy BTL powołano w mieście oddział Instytutu Doskonalenia i Specjalizacji Kadr Lekarskich. W 1952 roku organizacja liczyła 150 członków. W tym czasie z polecenia Ministerstwa Zdrowia BTL stało się częścią Ogólnopolskiego Towarzystwa Lekarskiego, zachowując jako bydgoski oddział wojewódzki własne władze lokalne.
W 1989 r. organizacja zmieniła nazwę na Bydgoskie Towarzystwo Lekarskie Oddział Regionalny Polskiego Towarzystwa Lekarskiego. BTL zorganizowało dwa Krajowe Zjazdy Naukowe Polskiego Towarzystwa Lekarskiego: 25-27 czerwca 1987 r. i 15-17 października 2003 r. Od 1986 r. wydało kilkanaście „Bydgoskich Zeszytów Lekarskich”.
Nazwy 1903-1914 – Towarzystwo Lekarzy Nadnoteckich 1921-1923 – Związek Lekarzy 1923-1939 – Naukowe Bydgoskie Towarzystwo Lekarskie na Obwód Nadnotecki 1945-1952 – Bydgoskie Towarzystwo Lekarskie 1952-1989 – Polskie Towarzystwo Lekarskie Oddział Wojewódzki od 1989 – Bydgoskie Towarzystwo Lekarskie Oddział Regionalny Polskiego Towarzystwa Lekarskiego