Struktura thumb|400x400px|Fotoukład II sinic, monomer Rdzeń fotoukładu II składa się z pseudosymetrycznego heterodimeru tworzonego przez dwa homologiczne białka D1 oraz D2. Inaczej niż w centrach reakcji wszystkich innych fotoukładów, u których występują specjalne dwójki umiejscowionych blisko siebie cząstek chlorofilu, pigment ulegający wstępnej separacji ładunku fotoindukcyjnego w fotoukładzie jest monomerem chlorofilu. Ponieważ dodatni ładunek nie jest dzielony pomiędzy dwie cząsteczki, zjonizowany pigment jest wysoce utleniony i może brać udział w fotolizie wody.
Fotoukład II (sinic i roślin zielonych) składa się z około 20 podjednostek (zależnie od organizmu), tak jak współpracujące z nim białka zbierające światło. Każdy fotoukład II zawiera co najmniej 99 kofaktorów: 35 chlorofili A, 12 β-karotenów, 2 feofityny, 2 plastochinony, 2 żelazoporyfiny, 1 wodorowęglan, 20 lipidów, klaster (włączając dwa jony chlorowe), jeden niehemowy kation żelaza oraz prawdopodobnie dwa kationy wapnia na każdy monomer.