Przez kolejne dwa lata Hooper umacniał swoją pozycję w drużynie, jednak dopiero sezon 2012 można uznać za przełomowy. Wystąpił w 16 spotkaniach Brumbies, w zdecydowanej większości w pierwszym składzie. W związku z upływającym kontraktem, zainteresowanie usługami młodego rwacza wykazywały trzy australijskie zespoły – oprócz Brumbies także Waratahs i Western Force. Ostatecznie Hooper zdecydował się na powrót do rodzinnego Sydney i związał się umową z ekipą „Tahs”.
Przed sezonem 2014 został mianowany wicekapitanem ekipy z Nowej Południowej Walii, a gdy kontuzji doznał kapitan Dave Dennis, w meczu z Reds Hooper przejął jego obowiązki. Pod jego wodzą Waratahs sięgnęli po pierwszy w swojej historii tytuł mistrzowski w Super Rugby, pokonawszy w finale Crusaders 33:32. W drugiej połowie roku został wyznaczony do gry w drużynie North Harbour Rays, która miała rywalizować w inauguracyjnym sezonie National Rugby Championship, jednak z uwagi na zobowiązania reprezentacyjne nie wystąpił w żadnym spotkaniu rozgrywanym przez Rays.