Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Jej wynikiem było między innymi ustalenie nazwy kompanii na „kompania saperów KOP «Stolin»”. Jednostką administracyjną dla kompanii był batalion KOP „Dawidgródek”.
Działania kompanii w 1939 W marcu 1939 kompania saperów KOP „Stolin” kpt. Czesława Pawulskiego została zmobilizowana i przedyslokowana do rejonu operacyjnego Armii „Poznań” w rejon Kalisza. Weszła w skład formowanego 25 batalionu saperów. Prowadziła prace fortyfikacyjne w rejonie Krotoszyn-Ostrów Wielkopolski oraz na linii rzeki Prosny.
Z początkiem września kompania wycofywała się w kierunku Warszawy. 9 września została przydzielona do 17 Wielkopolskiej Dywizji Piechoty i w jej składzie wzięła udział w bitwie nad Bzurą. W trakcie walk kompania wykonywała przejścia kolumnom taborów i organizowała bierną obronę przeciwpancerną. Po walkach nad Bzurą kompania przedarła się do Warszawy, gdzie weszła w skład odwodu dowódcy obrony Warszawy. Walczyła w obronie stolicy aż do jej kapitulacji.