Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarza rozpoczął pracę szkoleniowca. W 1992 łączył funkcje trenerskie i piłkarskie w Nieftiechimiku Niżniekamsk. Od 1995 do 1997 prowadził Saturn Ramienskoje. W 1999 został zaproszony do sztabu szkoleniowego klubu Łada-Symbirsk, gdzie najpierw pomagał trenować, a potem stał na czele klubu. Od lipca 2000 do maja 2001 trenował Fabus Bronnicy. Od 10 maja do 24 czerwca 2001 pomagał trenować Czernomoriec Noworosyjsk. W 2002 roku prowadził łotewski Liepājas Metalurgs, a w latach 2003-2004 kierował Tobyłem Kostanaj. Od 24 grudnia 2004 do końca 2005 trenował kazachski Żenis Astana. 1 stycznia 2006 został mianowany na stanowisko głównego trenera FK AktöbeВладимир Муханов: «Это довольно-таки грязный прием, он оставил у меня неприятный осадок» – Футбол – Sports.kz, którym kierował przez 7 lat do 15 grudnia 2012 roku. 6 czerwca 2013 stał na czele Fakiełu WoroneżВоронежский «Факел» возглавит бывший футболист клуба Владимир Муханов – Факел (Воронеж) – Блоги – Sports.ru. 15 listopada 2013 został zwolniony z zajmowanego stanowiskaВоронежский «Факел» возглавит легенда саратовского «Сокола» | Тульский футбол. 10 grudnia 2013 roku zgodził się na prowadzenie FK ChimkiВладимир Муханов возглавил «Химки» – Футбол – Sports.kz.