Sezon 1: W 1 odcinku opuszcza rodzinną miejscowość za namową matki, która boi się, że William, który odkrył dar chłopca powie o nim wszystkim, za co może Merlin zginąć. Hunith wysyła go do swojego przyjaciela Gajusza, który przyjmuje Merlina pod swój dach. Merlin wówczas używa magii do wykonywania prawie wszystkiego, co piętnuje Gajusz, który twierdzi, że magia służy do wielkich rzeczy. Poprzez wychowanie opiekuna Merlin przestaje tak często używać magii do wykonywania codziennych czynności. W 1 odcinku Gajusz daje mu swoją księgę czarów, z której uczy się Merlin. Na koniec pierwszego odcinka chłopiec zostaje sługą Artura w nagrodę za uratowanie mu życia. W 4 odcinku wypija truciznę, którą ma wypić Artur, ale przeżywa, gdyż książę przyniósł roślinę potrzebną do antidotum. W 5 odcinku zaprzyjaźnia się z Lancelotem, któremu pomaga w jego staraniach o bycie rycerzem Camelotu, a ten dowiaduje się o sekrecie Merlina, ale nie wyjawia go nikomu. W 7 odcinku ratuje Artura przed Aulfricem i Sophi'ą, którzy są Sidhe i chcą zabić Artura, aby uzyskać nieśmiertelność dla Sophii. W 8 odcinku pomaga w uratowaniu młodego Druida – Mordreda, pomimo tego, że Wielki Smok powiedział mu, że ten chłopiec zabije Artura.