zhengi reprezentuje nieznany dotąd takson siostrzany wobec kladu Ornithothoraces, należący do Avialae, lub takson siostrzany wobec kladu złożonego z wszystkich pozostałych Avialae z wyjątkiem archeopteryksa.
Twórcy rodzaju zaproponowali dwa możliwe kladogramy obrazujące pokrewieństwa pomiędzy Chongmingia zhengi i pokrewnymi mu taksonami. Propozycję, wedle której nowy rodzaj stanowi grupę siostrzaną wobec kladu złożonego z wszystkich pozostałych Avialae z wyjątkiem archeopteryksa, zaznaczono na zielono, natomiast konkurencyjną hipotezę widzącą w nim grupę siostrzaną Ornithothoraces, przedstawiono barwą niebieską.
Z późniejszej analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Wanga, Stidhama i Zhou (2018) wynika, że Chongmingia zhengi był taksonem siostrzanym do gatunku Jinguofortis perplexus, razem z którym tworzył klad (rodzinę Jinguofortisidae) siostrzany do kladu obejmującego rodzaj Sapeornis i grupę Ornithothoraces.