W 1968 zespół o nazwie Mehnat Qo‘qon debiutował w Klasie B, strefie średnio-azjatyckiej Mistrzostw ZSRR. W 1970 po kolejnej reorganizacji systemu lig ZSRR klub spadł do rozgrywek amatorskich. W 1988 klub zmienił nazwę na Avtomobilchi Qo‘qon i startował w Drugiej Lidze, strefie 7, w której występował do 1991. W 1991 startował w rozgrywkach Pucharu ZSRR.
W 1992 przyjął nazwę Temiryo'lchi Qo‘qon i debiutował w pierwszych niepodległych rozrywkach Wyższej Ligi Uzbekistanu. W 1995 zajął przedostatnie 15. miejsce i spadł do Pierwszej Ligi. W 1997 zajął pierwsze miejsce i powrócił do Wyższej Ligi, w której występował przez kolejne trzy sezony. W 2001 na jeden sezon został zdegradowany do Pierwszej Ligi. W 2002 zmienił nazwę na FK Qo‘qonUzbekistan - List of Name Changes - RSSSF, a w 2004 klub został niedopuszczony do rozgrywek w Wyższej Lidze z powodu nieopłacenia składki rocznej. Od 2005 występował w Pierwszej Ligi, a w 2007 nawet zmagał się w Drugiej Lidze Uzbekistanu. W 2009 nastąpiła zmiana nazwy klubu na Bunyodkor Qo‘qon. W 2012 powrócił do historycznej nazwy FK Qo‘qon 1912, a w 2014 zdobył wicemistrzostwo Pierwszej Ligi i wrócił do Wyższej Ligi.
Sukcesy Trofea międzynarodowe Nie uczestniczył w rozgrywkach azjatyckich (stan na 31-05-2015).
Trofea krajowe Uzbekistan
ZSRR
Wtoraja liga ZSRR: 5.