W terenie niezabudowanym ich kolonie są stosunkowo niewielkie, natomiast w miejscach z dużą ilością zabudowań znacząco zwiększają swoją liczebność – nawet do ponad miliona robotnic w jednej.
System kastowy System kastowy Mastotermes darwiniensis składa się ze stosunkowo małych robotnic, większych wojowników oraz królowej i króla. Król i królowa opiekują się młodymi do czasu, gdy pojawi się wystarczająca liczba robotnic, by karmić całą kolonię. Królowa składa jaja w pakietach (gronach) po 24, a nie pojedynczo (jest to cecha występująca u spokrewnionych z termitami karaczanów). Wyjątkowa dla tego gatunku, jest możliwość przeobrażania robotnic w przedstawicieli innych kast (włącznie z wykształceniem skrzydeł).
Ekologia Mastotermes darwiniensis jest jedynym znanym gospodarzem Mixotricha paradoxa – protista żyjącego w jelicie i współtrawiącego drewno. Mastotermes darwiniensis jest także jedynym przykładem termita będącego symbiontem z przedstawicielami bakterii z rodzaju Blattabacterium (które są typowymi symbiontami karaluchów).