Po II wojnie światowej kościół został zamknięty 11 października 1949 roku i zamieniony na magazyn zboża. Determinacja mieszkańców doprowadziła do ponownego otwarcia świątyni 24 października 1952 roku. Kościół został odremontowany w 1967 roku i w latach 80. XX w. W 1999 biskup nowo powstałej diecezji witebskiej Władysław Blin nadał status Maryjnego Sanktuarium Matki Bożej Królowej Jezior.
Obraz Matki Boskiej Brasławskiej W brasławskim kościele znajduje się umieszczony w ołtarzu głównym cudowny obraz Matki Boskiej Brasławskiej, zwanej też Ucieczką Grzeszników lub Matką Boską Monasterską. Ta ostatnia nazwa nawiązuje do miejscowej tradycji, według której obraz pierwotnie znajdował się w monasterze na wyspie jeziora Nieśpisz, odległym od Brasławia o 3 km. Prawosławny monaster został z XV w. ufundowany przez wojewodę wileńskiego Wojciecha Maniwida. W pierwszej połowie XVII w. klasztor przemianowano na unicki i osiedlili się w nim bazylianie. Podczas świąt liczni wierni przychodzili, by pokłonić się Najświętszej Pannie. Akta Archiwum Wileńskiego mówią o tragicznym losie klasztoru bazylianów. W 1832 r. od uderzenia pioruna powstał pożar, który strawił wszystkie budynki. Ocalał jedynie obraz Matki Bożej.