W latach 1420–1430 w piątym przęśle nawy zbudowano chór dla zakonników i emporę organową (rozebraną w 1690 roku). Konsekracja kościoła miała miejsce 14 listopada 1430 roku, a dokonał jej Antonio Correr, biskup diecezji CenedaObecnie Diecezja Vittorio Veneto.. Bazylika została dedykowana, być może na życzenie doży, dwóm braciom, rzymskim męczennikom, Janowi i Pawłowi.
W XV wieku zbudowano kopułę, wysoką na 55 m. W 1448 roku rozpoczęto budowę pierwszej kaplicy bocznej, zaprojektowanej w wykwintnym, gotyckim stylu, widocznym w linearnych zawiłościach okien i ornamentem z terakoty pod okapem. W 1458 roku pod nadzorem Bartolomea Bona zbudowano nowy główny portal wstawiając do niego kolumny zakupione z kościoła San Andrea na Torcello. W portalu pojawiły się klasyczne elementy wystroju, jak gzyms i fryz oraz woluty wewnątrz gotyckich kapiteli. Prace ukończono w 1464 roku. Kościół i klasztor przeszły kilka zmian w okresie baroku.