Po rezygnacji z lokalnej polityki, otrzymał tytuł Honorowego Radnego w ramach uhonorowania swoich zasług dla lokalnej społeczności.
Członek parlamentu W 2003 roku Partia Pracy w dzielnicy Tooting zdecydowała się otworzyć swój proces wyboru kandydata w wyborach parlamentarnych dla wszystkich zainteresowanych kandydatów. Urzędujący od 1974 roku Tom Cox zrezygnował z ubiegania się o reelekcję i ogłosił przejście na emeryturę. W procesie wyboru, Khan pokonał pięciu konkurentów i został oficjalnie nominowany jako kandydat tej partii w wyborach parlamentarnych w 2005 roku, w których uzyskał mandat posła.
W 2005 został nagrodzony tytułem „debiutanta roku” przez konserwatywny tygodnik Spectator „za praktyczność i jasność, z jaką mówił o bardzo skomplikowanych sprawach islamskiego terroru”.. W sierpniu 2006 roku był w grupie posłów, którzy podpisali list otwarty do premiera Tony’ego Blaira, krytykując politykę zagraniczną Wielkiej Brytanii„Minister criticises Muslim letter”..