W 1640 r. zmarł bezpotomnie Otto VIII, ostatni z rodu dawnych książąt Szlezwika i Holsztynu, Schaumburgów. O dziedzictwo w jego niewielkim kraju Holsztynu-Pinnebergu wybuchł spór między Fryderykiem a królem duńskim. Ostatecznie Pinneberg przypadł koronie duńskiej, Fryderyk zaś zadowolił się odszkodowaniem. W 1643 r. król duński stanął po stronie cesarza i zaatakował Szwecję. W odpowiedzi wojska szwedzkie ruszyły na Holsztyn. Fryderyk ponownie odwrócił się od Danii i porozumiał się ze Szwedami.
Związek ze Szwecją zacieśniał się po wojnie trzydziestoletniej. W 1654 r. córka Fryderyka Jadwiga Eleonora poślubiła króla szwedzkiego Karola X Gustawa. Podczas wojny szwedzko-duńskiej w 1657 r. zagrożony przez Duńczyków Fryderyk poparł Szwecję – w efekcie na mocy postanowień pokoju w Roskilde król duński został zmuszony do zrzeczenia się lennej zwierzchności nad szlezwickimi dobrami Fryderyka. Jednak wojna wkrótce wybuchła na nowo, a Fryderyk został zmuszony do ucieczki z Gottorp. Zmarł w Tönning nie doczekawszy się końca wojny.