rozpoczęła działalność audytorską w firmie Providium, założonej wspólnie z łódzkimi biegłymi rewidentami. W latach 1992–1994 zajmowała stanowisko wiceprezesa Zarządu „PROVIDUM“ SA, a następnie przez rok zajmowała samodzielne stanowisko ds. metodologii w tejże spółce. W 1996 r. firma Providum SA połączyła swoją działalność audytorską z firmą międzynarodową Deloitte & Touche Audyt Services sp. z o.o. Maria Rzepnikowska była partnerem odpowiedzialnym za usługi audytorskie i usługi z zakresu rachunkowości w firmie Deloitte, w której pełniła także funkcję prezesa zarządu oraz Chairmana.
Ponadto Maria Rzepnikowska była Członkiem Rady Fundacji im. Lesława A. Pagi.
Działalność ekspercka W latach 1992–1995 była Członkiem Zarządu Regionalnego Oddziału Krajowej Izby Biegłych Rewidentów. Pełniła funkcję Wiceprezesa KIBR (dostęp: 2021-01-07). Zasiadała również w Komisji Nadzoru Audytowego.
Maria Rzepnikowska współpracowała w tworzeniu 4 i 7 Dyrektywy UE. Wcześniej brała udział w pracach nad 43 Dyrektywą UE. Współpracowała również z Sejmową Komisją ds. Finansów.