19 maja wieczorem greckie służby poinformowały o znalezieniu prawdopodobnych szczątków samolotu w okolicach greckiej wyspy Karpatos (stąd też pierwotnie ta lokalizacja była uważana za miejsce wypadku). Miały to być pomarańczowe i biało-niebieskie plastikowe elementy oraz przedmioty przypominające kamizelki ratunkowe. Informacje o znalezieniu szczątków potwierdziły linie EgyptAir. Jednak jeszcze tego samego dnia szef greckiej komisji bezpieczeństwa lotniczego zdementował te informacje i stanowczo zaprzeczył, jakoby znalezione szczątki pochodziły z zaginionego Airbusa A320. Pomimo tego, linie EgyptAir złożyły „kondolencje ofiarom katastrofy i wyraziły głęboki żal”.
20 maja o godzinie 11:00 rzecznik egipskich sił powietrznych oficjalnie potwierdził, że szczątki Airbusa A320 zostały zlokalizowane. Oświadczył, że znajdują się one w Morzu Śródziemnym około 290 kilometrów na północ od Aleksandrii. Grecki minister obrony Panos Kamenos poinformował także, że zostały odnalezione fragmenty siedzeń samolotowych, rzeczy osobiste oraz fragment zwłok. Tego samego dnia Europejska Agencja Kosmiczna poinformowała, że jeden z satelitów zarejestrował obraz, na którym widać długą na około 2 kilometry plamę unoszącą się na powierzchni wody, w pobliżu ostatniej znanej lokalizacji samolotu, która może być paliwem lotniczym Airbusa A320.