Postępowania karne W okresie jego kariery politycznej śledczy ponad 25 razy występowali bezskutecznie o uchylenie jego immunitetu. Wątpliwości wzbudzały jego relacje z sycylijską mafią. Polityk w szczególności zaprzeczał, że zabity w 1992 chadecki działacz Salvatore Lima był jego łącznikiem z tym środowiskiem. W pierwszej połowie lat 90. wszczęto wobec niego postępowania karne, stawiając mu ponad 20 zarzutów. Były premier nie został skazany za żaden z nich. Proces dotyczący zarzutów o kontakty z mafią zakończył się ostatecznie w 2004. Stwierdzono, że nie można mu udowodnić współpracy po 1980, a wcześniejsze działania uległy przedawnieniu.
Był również oskarżony o zlecenie zabójstwa dziennikarza Mina Pecorellego, który został zamordowany w 1979. W 1999 polityk został uniewinniony, jednak na skutek apelacji w 2002 uznano go za winnego i skazano na karę 24 lat pozbawienia wolności. Giulio Andreotti odwołał się od tego orzeczenia do Sądu Kasacyjnego, który w 2003 prawomocnie uniewinnił go od popełnienia tego czynu.