Prawdopodobne miejsce pochówku hospodara zostało odnalezione podczas prac archeologicznych w 1998. Paweł z Aleppo zapisał ponadto, że w nawie cerkwi znajdował się portret straconego hospodara. Również za czasów Bazylego Lupu, po pożarze, zmieniono pierwotny kształt dachu cerkwi.
W XVIII w. powiększono budowlę o przedsionek w stylu barokowym. Pewnych modyfikacji oryginalnej bryły budynku dokonywano również w 1786, 1836 (po kolejnym pożarze) i 1880. Cerkiew Barnovschi i sąsiadujące z nią obiekty pełniły również funkcję rezydencji starożytnych patriarchów prawosławnych na wypadek ich przybycia na ziemie mołdawskie. Jak wskazuje zachowany Pomiannik z 1835, w świątyni stale modlono się za dusze nie tylko hospodarów mołdawskich, ale i 18 takich hierarchów z okresu tureckiego panowania w Mołdawii.
W 1994 cerkiew była remontowana.