W wieku czternastu lub piętnastu lat Duterte miał paść ofiarą molestowania seksualnego. Na wniosek Konferencji Biskupów Katolickich Filipin polityk wskazał na sprawcę ojca Marka Falveya, zmarłego w 1975 roku jezuitę. Duterte wcześniej nie mówił o napaści, gdyż był za młody i obawiał się, że nikt nie uwierzy w jego relację.
Burmistrz Davao W 1986 roku Rodrigo Duterte wybrano na burmistrza Davao. Jako burmistrz zasłynął z poprawy bezpieczeństwa w mieście. Rzeczywiści i domniemani przestępcy byli mordowani przez stworzone przez Duterte szwadrony śmierci. Przed wyborami prezydenckimi w 2016 roku media poinformowały, że Duterte osobiście mordował przestępców. W grudniu 2016 roku Duterte przyznał, że zabił trzy osoby. Według zeznań emerytowanego oficera policji Arturo Lascanasa członkowie szwadronów śmierci otrzymywali od 20 tys. do 100 tys. pesos za zamordowaną osobę, a sam Duterte osobiście zabił ok. 200 osób. Według relacji Edgara Matabato (byłego szefa jednego ze szwadronów śmierci) Duterte ukrywał się pod pseudonimem Charlie Mike i osobiście zabił za pomocą pistoletu maszynowego Uzi agenta służby bezpieczeństwa. Na rozkaz Duterte Edgar Matabato ćwiartował ciała ofiar i wrzucał je na pożarcie krokodylom lub do morza. W latach 1988–2013 szwadrony śmierci zabiły co najmniej 1000 osób.