W 1963 roku wybuchła otwarta wojna pomiędzy PAIGC a Portugalią. W 1965 roku ruch niepodległościowy utworzył własną armię – Rewolucyjne Siły Zbrojne Ludu. Portugalia, obawiając się utraty kolonii, wysłała na ten obszar liczbę oddziały wojskowe, które w kluczowym momencie osiągnęły 35 tysięcy żołnierzy. Stale bombardowano tereny porośnięte dżunglą, która służyła partyzantce za schronienie. Do 1968 roku Rewolucyjna Siła Zbrojna Ludu objęła kontrolę nad niemal całą Gwineą Bissau. Walki krótkotrwale objęły Wyspy Zielonego Przylądka. Wojska portugalskie w 1970 roku przeprowadziły nieudany najazd na terytorium niepodległej Gwinei. Był on motywowany chęcią zemsty za wsparcie tego państwa dla PAIGC. W styczniu 1973 roku w zamachu zginął Amílcar Cabral, za zabójstwem prawdopodobnie stali Portugalczycy. Wpływy po polityku przejął jego brat Luís, a formalnym przywódcą PAIGC został Pereira.