Około 900 roku p.n.e. nastąpił gwałtowny upadek miasta, podczas którego zniszczonych zostało wiele budowli, rzeźb i ołtarzy. Fragmenty zniszczonych rzeźb poukładano na zboczach pobliskich wzniesień, a następnie zakopanoRenata Faron-Bartels: Ludzie i bogowie Ameryki Środkowej, Ossolineum, Wrocław 2009. Ocalała ludność prawdopodobnie przeniosła się w okolice ujścia rzeki Tonalá, do nowego ośrodka zwanego La Venta. Archeolodzy Michael Coe i Richard Diehl z Uniwersytetu Yale jako przyczynę upadku sugerowali początkowo wewnętrzny bunt lub podbój przez obcych najeźdźców. Po dokładniejszym jednak zbadaniu rzeźb i steli Diehl uznał, że wiele z nich przed upadkiem miasta zostało na nowo przeformowanych, więc owo „niszczenie” miało być po prostu częścią tego procesu.
Badania wykazały też, że mniej więcej w tym samym czasie, w którym doszło do niepokojów, nastąpiły zmiany biegu rzek. To z kolei mogło doprowadzić do zmian ekonomicznych i środowiskowych, które doprowadziły do upadku miasta.
Badania Pierwsze wykopaliska archeologiczne na terenie ośrodka przeprowadził w 1938 Matthew Stirling. Podczas kolejnych badań w latach 40. odkrył liczne rzeźby, pomniki, kamienny ołtarz oraz pięć ogromnych bazaltowych głów. On też w 1955 wprowadził dla całego kompleksu nazwę San Lorenzo Tenochtitlán, którą zaczerpnął od nazw pobliskich osad.