Odwrócono orientację kościoła zwracając go fasadą w stronę Canal Grande. Ten nowy kościół został zbudowany w latach 1609–1611. 21 listopada 1617 roku patriarcha Francesco Vendramin dokonał konsekracji kościoła. 24 listopada 1629 roku został poświęcony ołtarz, dedykowany Matce Bożej. 18 czerwca 1806 roku, na mocy dekretu Królestwa Włoch z 8 czerwca 1805 roku, parafia przy kościele Santa Lucia została zniesiona.
Budowa dworca kolejowego i zburzenie kościoła Głębokie i radykalne zmiany urbanistyczne i architektoniczne przyniosła budowa stacji kolejowej w Wenecji. Postanowiono wówczas rozebrać istniejące budynki, aby zrobić miejsce dla dworca kolejowego i całej infrastruktury, niezbędnej dla jego funkcjonowania. Przeprowadzenie tego projektu oznaczało wyburzenie kościoła Santa Lucia wraz z klasztorem oraz całej jego okolicy, z domami i pałacami, wzniesionymi głównie w XV–XVIII wieku oraz ogrodami warzywnymi, ciągnącymi się aż do brzegu laguny. W 1846 roku ukończona została budowa mostu kolejowego przez lagunę, a w 1858 roku oba brzegi Canal Grande połączono mostem żelaznym. Prace rozbiórkowe zbliżyły się do kościoła Santa Lucia. Gotowy był już plac pod postój lokomotyw i wagonów, brakowało jeszcze tylko dworca kolejowego, jako ostatniego elementu otwierającego wylot na Canal Grande. Wtedy postanowiono rozebrać kościół.