Przejście graniczne wyposażone jest m.in. w elektroniczny dozór (CCTV) i zdalne sterowanie ruchem na pasach odpraw za pomocą tablic LED, w celu zapewnienia optymalnego poziomu przepływu osób i środków transportu przekraczających granicę państwową. W infrastrukturze drogowego przejścia znajdują się budynki kontroli szczegółowej, terminal odpraw autobusów, pomieszczania administracyjne dla każdej ze służb oraz kojce dla psów służbowych.
Od 10 kwietnia 2026 przejście, podobnie jak 70 pozostałych przejść granicznych w Polsce (drogowych, kolejowych, lotniczych i morskich) został objęty Systemem Entry/Exit System (EES) − zautomatyzowanym systemem informatycznym służący do rejestrowania obywateli państw trzecich podróżujących w celu pobytu krótkoterminowego za każdym razem, gdy przekraczają oni granice zewnętrzne krajów europejskich korzystających z tego systemu.
Administratorem drogowego przejścia granicznego Malhowice–Niżankowice jest Wojewoda Podkarpacki – Zakład Obsługi Przejść Granicznych w Korczowej.
Dojazd do przejścia zapewnia po polskiej stronie droga wojewódzka nr 885, zaś po ukraińskiej stronie droga terytorialna nr T 1418.