Jej matka, Berta Flores, była wzorem humanizmu: była akuszerką i działaczką społeczną, która przyjmowała i dbała o uchodźców z Salwadoru.
Berta Cáceres studiowała na uniwersytecie i ukończyła go z kwalifikacjami dydaktycznymi.
Aktywność W 1993 roku, jako działaczka studencka, Cáceres została współzałożycielką Obywatelskiej Rady Organizacji Ludowych oraz Ludów Tubylczych Hondurasu (COPINH), organizacji broniącej praw ludów tubylczych w Hondurasie. Berta Cáceres prowadziła kampanie o różnej tematyce, w tym protest przeciwko nielegalnej wycince drzew, przeciwko właścicielom plantacji i obecności baz wojskowych USA na ziemiach należących do ludów Lenka. Popierała też feminizm, prawa LGBT, a także zwracała uwagę na sprawy dotyczące zarówno rdzennej ludności, jak i całego społeczeństwa.
W 2006 roku grupa rdzennych mieszkańców należących do plemienia Lenka z Rio Blanco poprosiła Cáceres o dochodzenie w sprawie ciężkiego sprzętu i maszyn budowlanych, które pojawiły się na ich terenach. Cáceres przeprowadziła odpowiednie badania i poinformowała społeczeństwo o wspólnym projekcie chińskiej firmy Sinohydro, Ogólnoświatowego Przedsiębiorstwa Banku Finansów Międzynarodowych i honduraskiej firmy Energéticos S.A.