W pełni identyfikował się wówczas z humanizmem i renesansem, korespondował z Erazmem z Rotterdamu. W 1506, po kilkumiesięcznym kształceniu teologicznym, przyjął święcenia kapłańskie i objął parafię w Glarus. Udowodnił tam, że jest dobrym kaznodzieją, kontynuując kształcenie rozpoczął naukę greki i języka hebrajskiego, czytał Ojców Kościoła. Dwukrotnie pełnił wówczas funkcję kapelana papieskich oddziałów zaciężnych złożonych z jego rodaków podczas wypraw do Włoch (w 1515 brał udział w bitwie pod Marignano). Nastawiło go to krytycznie do papiestwa oraz do możnych szwajcarskich, którzy trudnili się werbunkiem. Zwalczał kondotierską służbę Szwajcarów, uważał ją bowiem za szkodliwą, niemoralną i poniżającą dla obywateli kantonów szwajcarskich. Jego stanowisko wywołało wrogość w Glarusie, dlatego w 1516 został duszpasterzem w centrum pielgrzymkowym w Einsiedeln. Tam miał możliwość głoszenia kazań wielu pielgrzymom, jak i wspaniałe warunki do nauki w klasztorze. Zwingli datował potem swoje ewangelickie rozumienie Pisma Świętego na okres przejścia do Einsiedeln. Jego problemy w Glarusie nadały tym pracom znaczenie bardziej niż akademickie.