Kierując się swoim poglądem na prymat Pisma Świętego, Zwingli wygłosił słynne kazania w klasztorze w Oetenbach. Pomimo lokalnego sprzeciwu wobec wielu z jego idei, uzyskał od biskupa upoważnienie do dalszego ich głoszenia.
Pod wpływem nauki Marcina Lutra, a także w rezultacie własnych przemyśleń, a przede wszystkim studiowania Pisma Świętego przyjął reformacyjną naukę o usprawiedliwieniu z łaski Bożej przez wiarę tudzież zaczął krytykować tradycyjną obrzędowość i teologię katolicką. Podobnie jak Luter akceptował najwyższy autorytet Biblii, lecz stosował je rygorystyczniej i wszechstronniej we wszystkich doktrynach i praktykach. Obaj zgodzili się odrzucić ofiarę eucharystyczną, średniowiecznego pojęcia zmiany substancji w sakramencie. Od 1519 podjął krytykę kultu świętych, idei czyśćca, zakonów, a później także władzy papieskiej, celibatu i pojmowania mszy jako ofiary. Przez swoje działania popadał w konflikt z biskupem Konstancji. Następnie objął probostwo w Zurychu, co uznawane jest za początek Kościoła reformowanego. W styczniu 1523 brał udział w dyspucie w zuryskim ratuszu z Johannem Faberem, na którą przygotował i opublikował 67 tzw. konkluzji (z niem. Schlußreden), dzięki czemu uzyskał wpływ na radę miejską. Co pozwoliło mu uniezależnić się od biskupa oraz zerwać ostatecznie z katolicyzmem.