Zwingli udzielał się w dysputach wśród protestantów. Jedne spory dotyczyły poglądów tzw. marzycieli teologicznych, których krytykował w licznych polemikach. Inne natomiast poruszały temat zrozumienia Wieczerzy Pańskiej. W 1524 zanegował dogmat o rzeczywistej obecności Chrystusa w Eucharystii, przez co popadł w konflikt z Lutrem, gdyż było to sprzeczne z jego naukami (reformacja wittenberska). Zwingli głosił tezę o symbolicznej obecności Chrystusa w sakramencie. Natomiast Luter był przekonany o realnej obecności Boga podczas Eucharystii, wskazywał podczas dyskusji na napisane przez siebie kredą na stole słowa Chrystusa: „To jest ciało moje”.
Dzięki landgrafowi Hesji Filipowi Wielkodusznemu w 1529 zorganizowano dysputę w Marburgu z myślą o pojednaniu we wspólnocie protestanckiej. W zjeździe uczestniczyli w nim: Luter, Zwingli i Martin Bucer. W większości kwestii osiągnięto porozumienie, lecz niezgoda pozostała w odniesieniu do obecności sakramentalnej, a Luter odmówił pojednania z Zwinglim i Bucerem.