Fort był używany przez Brytyjczyków w XIX i XX wieku. Od roku 1824 mieścił się w nim obóz jeniecki dla żołnierzy tureckich, wziętych do niewoli w czasie wojny o niepodległość Grecji. Był raz jeszcze przekształcony w obóz jeniecki podczas II wojny światowej, tym razem dla żołnierzy niemieckich.
Pomiędzy majem a lipcem 1940 roku, w forcie internowano kilkudziesięciu Maltańczyków, wśród których był późniejszy premier Malty Enrico Mizzi, podejrzewanych o sprzyjanie włoskiemu . 43 internowanych zostało później zesłanych do Ugandy, skąd zezwolono im powrócić w roku 1945.
Podczas II wojny światowej fort był składem nafty. Skład, trafiony włoską bombą podczas nalotu 25 października 1941 roku, eksplodował.
Współcześnie Podobnie, jak większa część Cottonera Lines, fort ciągle istnieje, lecz jest w stanie raczej zaniedbanym.
Fort San Salvatore jest jedną z kilku budowli militarnych na Malcie, które są w prywatnych rękach. W roku 1958 ówczesny premier Malty, Dom Mintoff, oddał fort w leasing firmie Prestressed Concrete Limited, której właścicielem był jego brat, Raymond Mintoff, za kwotę £200 rocznie. W roku 1982 emfiteuza fortu została wykupiona za kwotę Lm2000 (równowartość €4650) i fort stał się prywatną posiadłością.