Przeznaczenie Stacja Badawcza Instytutu Nenckiego PAN w Mikołajkach pełni funkcję stacji terenowej służącej jako baza do prowadzenia badań laboratoryjnych oraz terenowych (wodnych i lądowych) na terenie Krainy Wielkich Jezior Mazurskich. Sama stacja ma dostęp do Jeziora Mikołajskiego, a na jej obszarze znajduje się przystań. W budynkach stacji znajdują się liczne laboratoria, sala seminaryjna, sala konferencyjna, sale edukacyjne, biblioteka z czytelnią oraz budynek ekspozycyjno-wystawowy.
Oprócz miejsca do badań stacja służy do organizowania konferencji naukowych, warsztatów szkoleniowych, zajęć dydaktycznych i popularyzatorskich. Dane dotyczące warunków meteorologicznych i składu planktonu Jeziora Mikołajskiego pozyskiwane na stacji były w latach 2005–2013 prezentowane jako Serwis Mazurski przez warszawski oddział Polskiego Towarzystwa Hydrobiologicznego.
W oparciu o badania wykonane na stacji w latach 1953-2006 powstało ponad 800 publikacji naukowych. Sami pracownicy stacji w podobnym okresie opublikowali 190 prac naukowych.