Faza pucharowa rozgrywek Ligi Europy UEFA 2016/2017 rozpoczęła się 16 lutego 2017 i została zakończona meczem finałowym, który odbył się na Friends Arena w Solnie 24 maja 2017. Zwycięzcą został Manchester United po wygranej 2:0 nad Ajaxem Amsterdam.
Terminarz Wszystkie losowania miały miejsce w siedzibie UEFA w Nyonie, w Szwajcarii.
RundaData i czas losowaniaData pierwszego meczuData drugiego meczu1/16 finału12 grudnia 201616 lutego 201723 lutego 20171/8 finału24 lutego 20179 marca 201716 marca 2017Ćwierćfinał17 marca 201713 kwietnia 201720 kwietnia 2017Półfinał21 kwietnia 20174 maja 201711 maja 2017Finał24 maja 2017 na Friends Arena w Solnie.
Mecze mogły być rozegrane również we wtorki i środy, zamiast czwartków, gdyby były problemy z terminarzem.
Zakwalifikowane drużyny Do startu w fazie pucharowej uprawnione były 32 drużyny: 12 zwycięzców fazy grupowej Ligi Europy, 12 drużyn, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej Ligi Europy, 8 drużyn, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Do dalszych etapów turnieju przechodzili zwycięzcy poszczególnych dwumeczów.