Z kolei w latach 1392–1397 polecono mistrzowi Mikołajowi Wernerowi lepsze doświetlenie kościoła. Budowniczy obniżył mury naw bocznych, a w murach magistralnych wprowadził duże otwory okienne. W ten sposób halowy układ świątyni zmienił się na bazylikowy.
W 1443 (lub 1442) roku miało miejsce silne trzęsienie ziemi, które spowodowało runięcie sklepienia świątyni.
W pierwszej połowie XV wieku dobudowano kaplice boczne. Większość z nich była dziełem mistrza Franciszka Wiechonia z Kleparza. W tym też czasie podwyższona została wieża północna, przystosowana do pełnienia funkcji strażnicy miejskiej. W 1478 roku cieśla Matias Heringkan pokrył wieżę hełmem. Na nim w 1666 roku umieszczono złoconą koronę.
W końcu XV wieku świątynia Mariacka wzbogaciła się o arcydzieło rzeźbiarskie późnego gotyku – Ołtarz Wielki – dzieło Wita Stwosza.