Jakub Edelstein stał się oficjalnym przedstawicielem Żydów w kontaktach z Niemcami.
II wojna światowa W 1939 roku przebywając w Pradze robił wszystko, by Żydzi z Czechosłowacji nie zostali deportowani do Polski, gdyż ciężko byłoby im przetrwać warunki okupacji. 18 października 1939 roku Edelstein wraz z tysiącem ludzi z Moskwy udał się do Niska nad rzeką San (na południe od Lublina) w sprawie niemieckiego planu przesiedlenia Żydów w dystrykcie lubelskim. Plan ten się nie powiódł, a skutkowało to deportacją niektórych z nich do miejsca ich pochodzenia. Lata 1939–1941 za zgodą gestapo spędził w zagranicznych podróżach, które miały na celu poszukiwanie sposobów na przyśpieszenie emigracji Żydów. Odwiedził Bratysławę, Wiedeń, Berlin, Triest oraz Genuę. W październiku 1941 roku Niemcy podjęli decyzję o utworzeniu getta w Terezinie. Miało to być tymczasowe rozwiązanie dla Żydów z Protektoratu Czech i Moraw. W grudniu tego samego roku Edelstein udał się tam i został przewodniczącym Judenratu, a jego zastępcą był Otto Zucker i wspomagała go rada dwunastu.