Przez lata zamieszkiwali tu m.in.: Bolesław Kubiak z żoną (kierownik administracyjny Muzeum) i archeolożka Maria Berezowska-Zeylandowa z mężem Andrzejem, literatem.
W końcówce 1939 Niemcy zarekwirowali całość zbiorów i bibliotekę profesora. Rabunek nadzorował osobiście doktor Ernst Nickel – okupacyjny dyrektor Działu Prehistorycznego Muzeum Wielkopolskiego. Ostatecznie zbiory zgromadzone w piwnicach muzeum przetrwały wojnę i uniknęły rabunku oraz dewastacji, jaki spotkał opuszczoną w 1945 willę. Część sprzętów rozkradli wówczas sąsiedzi. Budynek w latach 1939–1945 pełnił rolę leśniczówki. thumb|180px|Krzyż dziękczynny 3 marca 1945 Kostrzewski powrócił do rozszabrowanej willi, którą umeblował powtórnie sprzętami pozyskanymi z Rejonowego Urzędu Likwidacyjnego, po nieznanym volksdeutschu z Podolan. Przez pewien czas współdzielił lokale z radzieckimi żołnierzami łączności. Wkrótce wynajął willę m.in. Caritasowi na dom samotnej matki oraz duszpasterstwu akademickiemu. Sam zamieszkiwał w oficynie PTPN na ul. Mielżyńskiego.