Zaangażował się w działalność polityczną w ramach Włoskiej Partii Liberalnej. W 1953 po raz pierwszy z jej ramienia uzyskał mandat posła do Izby Deputowanych. Pięciokrotnie z powodzeniem ubiegał się o reelekcję, zasiadając w niższej izbie włoskiego parlamentu do 1979. Od 1954 do 1972 kierował PLI jako jej sekretarz. W 1955, wkrótce po objęciu tej funkcji, doszło do rozłamu w partii, gdy związane z czasopismem „Il Mondo” skrzydło lewicowe Maria Pannunzio powołało Partię Radykalną. W trakcie przywództwa Giovanniego Malagodiego Włoska Partia Liberalna zwróciła się w stronę liberalizmu Luigiego Einaudiego, wyrażając sprzeciw wobec upaństwowienia sektora energii elektrycznej czy poglądów centrolewicy. W wyborach z 1963 ugrupowanie uzyskało najlepszy wynik w historii (około 7%), po czym stopniowo traciło poparcie.

W 1972 polityk odszedł z funkcji sekretarza PLI. Od czerwca 1972 do lipca 1973 po raz jedyny w swojej karierze pełnił funkcję rządową – był ministrem skarbu w drugim gabinecie Giulia Andreottiego. Przez kilka lat zajmował techniczno-organizacyjne stanowisko przewodniczącego partii, ustąpił z niego w drugiej połowie lat 70., nie zgadzając się z linią nowego sekretarza Valeria Zanone.