W obliczu klęski wojsk polskich w kampanii wrześniowej i zajęcia Kresów Wschodnich przez Armię Czerwoną Adamaszek będąc we Lwowie przyjął propozycję pracy w Donbasie. W maju 1941 roku został wcielony do Armii Czerwonej gdzie w batalionie budowlanym uczestniczył w budowie lotnisk. Po napaści Niemiec na ZSSR jego jednostka została ewakuowana na wschód, Marian został ciężko ranny w czasie nalotu samolotów niemieckich. Po przebytej operacji, został ewakuowany do Stalingradu na dalsze leczenie.
W grudniu 1941 roku przerwał leczenie i rekonwalescencję, zgłosił się do tworzonej Polskiej Armii w ZSRR przez gen. Andersa. Służbę wojskową w Armii Andersa rozpoczął w stopniu strzelca, następnie został ewakuowany z terenów ZSRR do Anglii drogą morską. Już w Armii Andersa wyraził chęć do służby w lotnictwie i w Anglii 14 czerwca 1942 został skierowany do lotnictwa na szkolenia: strzelca samolotowego, kurs przedwstępny załóg latających i do szkoły nawigatorów i obserwatorów. Po ukończonych szkoleniach w sierpniu 1944 został skierowany do Oddziału Wyszkolenia Bojowego gdzie odbywał pierwsze loty szkoleniowe na samolotach bombowych.