Advent dołożył wszelkich starań, aby poprawić opinię ludzi na temat obcych, zwłaszcza poprzez propagowanie przekonania, że obcy mieli pokojowe zamiary, a siły Ziemi zareagowały agresywnie i z uprzedzeniami. Do gry, jako baza gracza wprowadzony został Avenger, mobilny sterowiec nazwany tak samo jak statek z UFO: Enemy Unknown, będący statkiem obcych zmodernizowanym na potrzeby XCOM.
Gracz ponownie wciela się w rolę dowódcy, który został porwany przez obcych. Wszczepiono mu implant do mózgu, aby najeźdźcy mogli wykorzystać jego strategiczne myślenie. Bohater zostaje odbity przez oficera Bradforda i razem uciekają do tajnej bazy XCOM.
Produkcja
25 maja 2015 roku powstała strona zatytułowana „Advent Future”, będąca zapowiedzią gry. Zawierała reklamę administracji Advent, której celem było „stworzenie świata wolnego od głodu, bólu, chorób i wojny”. W późniejszym okresie zamieszczono na stronie informację, że organizacja miała złowieszcze plany. 1 czerwca 2015 roku IGN oficjalnie poinformowało o rozpoczęciu prac nad grą i przedstawiono pierwszy zwiastun, a gameplay został zaprezentowany 15 czerwca w trakcie Electronic Entertainment Expo 2015. Jake Solomon, reżyser XCOM: Enemy Unknown, powrócił do kierowania zespołem pracującym nad XCOM 2.