Do schwytania Unabombera przyczynił się jego brat David, który w poglądach autora rozpoznał poglądy Teda, z którym od wielu lat nie utrzymywał kontaktu. Ted Kaczynski aresztowany został 3 kwietnia 1996, a w 1998 skazano go na karę dożywotniego więzienia. Przed atakami terrorystycznymi z 11 września 2001 Unabomber był symbolem terroryzmu w Stanach Zjednoczonych. Od 1997 Kaczynski przebywał w więzieniu o maksymalnie zaostrzonym rygorze , w stanie Kolorado. W więzieniu tym przebywają osoby uznawane przez amerykańskie władze za skrajnie niebezpieczne, m.in. Eric Rudolph, oraz Timothy McVeigh. Kaczynski zaprzyjaźnił się z McVeighem i prowadził z nim do czasu jego egzekucji rozmowy poświęcone polityce i filozofii.
W grudniu 2021 roku z powodów zdrowotnych został przeniesiony do więzienia w Butner, w stanie Karolina Północna. Pod koniec życia chorował na nowotwór. 10 czerwca 2023 roku został znaleziony martwy w swojej celi. Niedługo później podano, że przyczyną śmierci było samobójstwo. Powiesił się na sznurowadłach na poręczy dla niepełnosprawnych w swoim pokoju.