Później prowadził własny majątek Ludwinowo, w gminie Kościeniewicze powiatu wilejski.
Po agresji ZSRR na Polskę, we wrześniu 1939 został wzięty do niewoli przez Sowietów. Według stanu na dzień 16 listopada 1939 i 14 stycznia 1940 był osadzony w obozie jenieckim w Kozielsku. W spisie z 16 listopada ujęty jako chory w lazarecie jenieckim. Między 19 a 21 kwietnia 1940 przekazano go do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 036/4 z 16 kwietnia 1940, pozycja 6. Między 20 a 22 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano potajemnie w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne, jednak podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców w 1943, Wincenty Poklewski-Koziełł nie został zidentyfikowany. W Archiwum Robla wymieniono go we wpisach z 16 listopada 1939 i 14 stycznia 1940, w pamiętniku znalezionym przy szczątkach Włodzimierza Wojdy (pakiet 01453-02, 11). Krewni do 1990 poszukiwali informacji przez Biuro Informacji i Badań Polskiego Czerwonego Krzyża w Warszawie.