W nocy z 3 na 4 września 1939 r. na terenie wsi oddział polski pod dowództwem kpt. Z. Wajdowicza stoczył potyczkę z Niemcami nacierającymi na Żywiec. Lipowa była jedną z pierwszych wsi regionu żywieckiego, w których w czasie okupacji hitlerowskiej zaczął się rodzić ruch oporu. Jeszcze we wrześniu 1939 r., z myślą o dalszej walce, mieszkańcy Lipowej pod kierunkiem miejscowego proboszcza ks. F. Sznajdrowicza przystąpili do gromadzenia porzuconej broni i amunicji. W końcu listopada Niemcy natrafili na skład broni w wieży kościelnej, co spowodowało aresztowanie 40 mieszkańców Lipowej, Łodygowic, Ostrego i Słotwiny, z proboszczem na czele. 18 stycznia 1940 r. 29 spośród nich stracono w Katowicach. Ich śmierć upamiętnia pomnik koło lipowskiego kościoła.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Lipowa. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa bielskiego.