W sierpniu 1939 roku w ramach mobilizacji został skierowany do ośrodka zapasowego 14 Wielkopolskiej Dywizji Piechoty do wsi Sójki. Podczas walk we wrześniu 1939 roku dowodził plutonem 55 Poznańskiego pułku piechoty. Po zakończeniu kampanii wrześniowej w poszukiwaniu pracy wyjechał do Generalnego Gubernatorstwa. Trafił do Warszawy, a następnie – decyzją Komisarycznego Kierownika Technicznego Polskich Straży Ogniowych – w 1940 roku został skierowany do Lublina, gdzie objął stanowisko zastępcy Instruktora Pożarniczego Dystryktu. Tam też rozpoczął działalność konspiracyjną: był członkiem Związku Walki Zbrojnej, Armii Krajowej oraz Strażackiego Ruchu Oporu „Skała”. W 1943 roku został oddelegowany do Centralnej Szkoły Pożarniczej w Warszawie jako szef kursu oficerów pożarnictwa. Po powrocie do Lublina, w 1944 roku został przez Niemców aresztowany i przesłuchiwany, ostatecznie jednak zwolniono go. Wobec zwiększenia nadzoru niemieckiego nad działalnością straży pożarnych, Pilawski przeniósł się najpierw do Piotrkowa Trybunalskiego, a następnie do Krakowa, gdzie w styczniu 1945 roku doczekał wyzwolenia.