Odrodzenie PNI PNI odrodziła się jako partia po uzyskaniu niepodległości przez państwo indonezyjskie. Pomimo iż, PNI nie posiadała już ścisłych związków z Sukarno, który jako prezydent republiki był apolityczny, partia uzyskiwała duże poparcie społeczne ze względu na historyczne związki indonezyjskiego bohatera narodowego z ugrupowaniem. W pierwszych wyborach parlamentarnych zorganizowanych we wrześniu 1955 roku, PNI zdobyła najwięcej głosów ze wszystkich ugrupowań (22,3%), uzyskując 57 mandatów w indonezyjskim parlamencie. Podobne poparcie PNI uzyskała w wyborach do Konstytuanty, które odbyły się 3 miesiące później (23,97%).
Zakończenie działalności Po sfingowanym zamachu stanu w 1965 roku (którego według oficjalnej linii propagandowej mieli dokonać członkowie Komunistycznej Partii Indonezji), dyktatorską władzę w kraju przejął gen. SuhartoŁ. Bonczol, Zrozumieć Indonezję, Warszawa 2012.. Część członków PNI została oskarżona o współpracę z PKI i skazana na wieloletnie więzienie.
W latach siedemdziesiątych administracja Suharto w celu ułatwienia kontroli nad wszelkimi partiami opozycyjnymi, wprowadziła dla nich obowiązek zrzeszenia się w ramach jednej z dwóch koalicji politycznych (o profilu religijnym oraz sekularnym).