Latem 2002 Mora przeszedł do drugoligowego Atlético Cihuatlán, prowadzonego przez swojego brata – Octavio Morę. Jego barwy reprezentował rok, podobnie jak kolejnej ekipy, przez którą został zakontraktowany – CD Zacatepec. Ostatnim przystankiem w jego karierze był spadkowicz z pierwszej ligi – zespół Querétaro FC, który zakupił licencję Zacatepec. Tam występował przez rok, mając niepodważalne miejsce w wyjściowym składzie; w wiosennym sezonie Clausura 2005 wygrał z Querétaro drugą ligę meksykańską, co wobec porażki w decydującym dwumeczu barażowym nie zaowocowało jednak powrotem klubu na najwyższy szczebel. Bezpośrednio po tym w wieku 31 lat zakończył piłkarską karierę.
Kariera trenerska W latach 2008–2010 Mora pełnił rolę asystenta swojego brata Octavio Mory w trzecioligowym zespole Loros UdeC z siedzibą w Colimie. W lutym 2011 zastąpił Gastóna Obledo na stanowisku pierwszego trenera Loros. Pod jego kierownictwem drużyna dołączyła do grona czołowych na trzecim szczeblu rozgrywek, zaś w sezonie Clausura 2015 triumfowała w Segunda División, bezpośrednio po tym (wygrywając dwumecz barażowy o awans) awansując do drugiej ligi.