Tribal Tech Henderson utworzył zespół Tribal Tech z basistą Garym Willisem w 1984 roku. Pod kierunkiem Hendersona i Willisa Tribal Tech stał się jednym z najbardziej cenionych zespołów fuzyjnych 1980 roku. Artysta koncertował i nagrywał wraz z zespołem aż do ich rozpadu po albumie Rocket Science w 2000 roku. W 1991 roku został nazwany „# 1 Jazz Guitarist” przez magazyn Guitar World, a w styczniu 1992 roku został uznany za najlepszego gitarzystę jazzowego w plebiscycie „Guitar Player Magazine”.
Najnowsze nagrania Henderson wrócił do swoich bluesowych korzeni, wydając płytę „Dog Party” w 1994 roku i „Tore Down House” w 1997 roku. Nagrywał „Well To The Bone” (2003) wraz z basistą Johnem Humphreyem i perkusistą Kirkiem Covingtonem z Shrapnel Records. Jego ostatnie solowe wydanie to „Scott Henderson Live” (2005, Shrapnel), a jego twórczość przeniosła się później na muzykę funky/jazz fusion.
Wielokrotnie podkreślał, że cieszy się graniem w zespołach, które nie mają graczy klawiszowych, ponieważ pozwala to na lepsze rozwijanie i poznawanie pełnego potencjału gitary, jako instrumentu.
Henderson jest również członkiem supergrupy fuzja Vital Tech Tones z Victorem Wootenem i Steve'em Smithem, która wydała dwie płyty od 2006 r.