Fryderyk udał się wtedy do Wiednia i prosił cesarza o uwolnienie swego kraju od wojsk Habsburgów oraz o redukcję zasądzonej na rzecz kuzyna wielkiej kwoty z uwagi na ogromne zniszczenia jego dóbr. Cesarz wyraził zgodę pod warunkiem zmiany religii przez Fryderyka z luterańskiej na katolicką, czego Fryderyk odmówił. Ponieważ nie mógł zebrać zasądzonej kwoty, w 1629 r. zawarł układ z Wilhelmem, zgodnie z którym oddał mu część księstwa. Na dodatek w tym samym roku cesarz ogłosił edykt restytucyjny nakazujący zwrot dóbr zagarniętych Kościołowi katolickiemu w dobie reformacji, a na początku 1631 r. przysłał do Badenii-Durlach swoich wysłanników w celu wprowadzenia go tam w życie.
W efekcie Fryderyk opowiedział się w wojnie trzydziestoletniej po stronie króla szwedzkiego Gustawa II Adolfa i dzięki obecności jego wojsk na powrót opanował swoje księstwo. Jednak już w 1632 r. do Badenii-Durlach wkroczyły wojska cesarskie i oddały ją w okupację katolickiemu i prohabsburskiemu kuzynowi Fryderyka, Wilhelmowi z Baden-Baden. Z kolei w 1633 r. kanclerz szwedzki Axel Oxenstierna spełnił prośbę Fryderyka i nadał mu nie tylko władzę w Baden-Baden, ale także habsburskie posiadłości w Badenii i dowództwo nad oddziałami protestanckimi w Bryzgowii.