Podczas bitwy pod Arcole Vaubois bronił Trento z oddziałem o sile 10,5 tysiąca żołnierzy. Austriacki korpus barona Paula Davidovicha, z 18 tysiącami żołnierzy, okazał się być niespodziewanie silniejszy. W serii potyczek obrońcy Trento zostali zeń wyparci i zepchnięci do Calliano, gdzie 7 listopada zostali pokonani. Bonaparte przybył, aby ustabilizować sytuację, lecz zostawił Vaubois, by zrobił, co w jego mocy, kiedy sam zaatakował główne siły austriackie w Arcole. Francuzi wygrali trzydniową batalię 17 września, tego samego dnia Davidovich znów pokonał Vaubois pod Rivoli Veronese. Przegrana miała niewielkie konsekwencje dla Francuzów, gdyż Bonaparte szybko uderzył na Davidovicha zmasowanym atakiem i zepchnął jego korpus na północ. Wkrótce potem przekazał oddział Vaubois pod dowództwo Barthélemy Jouberta.
24 listopada 1796 roku Bonaparte pisał o nim: „Vaubois jest dzielnym żołnierzem. Ma odpowiednie kwalifikacje na dowódcę oblężonego miejsca, lecz nie na dowodzącego bardzo aktywną armią, lub na wojnie tak energicznie prowadzonej jak ta.”.